Крымская бассейновая санэпидстанция представляет Госсанэпидслужбу на водном транспорте в Крымском морском регионе приказом Минздрава Украины «О реформировании государственной санитарно-эпидемиологической службы на водном транспорте» №82 от 23 февраля 2005г.

Учреждение II - категории бассейновых санэпидстанций, зарегистрировано в государственном Реестре юридических лиц-31 марта 2005г; штатной численностью и сетью учреждений образована 01 апреля 2005г (приказы Центральной санэпидстанции ВТ №№ 19,20 от 28.03.05г;01.04.05г).

В состав Крымской бассейновой санэпидстанции введены 3 (три) портовых санэпидстанции – Керченская, Феодосийская, Ялтинская) 1,2,3 категорий.

Крымский морской регион предаставлен восьмью морскими портами, тремя грузовыми терминалами, в том числе международным СК ЗАО «Авлита», девятью судостроительными заводами, 161 судоходной компаний, 470 единицами приписного флота, 60 крюинговыми компаниями, 276 береговыми объектами инфраструктуры водного транспорта и портов.

Длина сводного линейного участка госсаннадзора в регионе бассейна составляет 870 км, радиус обслуживания санэпидучреждений превышает 400 км без учёта объектов осмотра, которые работают на континентальном шельфе Черного и Азовского морей – ГАО «Черноморнефтегаз».