Эпидемиологический отдел является структурным подразделением Крымской бассейновой санэпидстанции, осуществляет организационно-методическое руководство в работе за входящими в состав отделением медицинской паразитологии, бактериологической лаборатории, осуществляет контроль за организацией и проведением профилактических и противоэпидемических мероприятий, направленных на предупреждение, снижение и ликвидацию инфекционных и паразитарных заболеваний работников водного транспорта Крымского бассейна.

На начальном этапе реформирования специалистами ЦСЭС на ВТ, Одесского ПЧИ и Крымской бассейновой санэпидстанции проведена комплексная санитарно-эпидемиологическая оценка портов Крыма. Рекомендации, данные комиссией по результатам проверок, определили основные направления деятельности Крымской бассейновой санэпидстанции и портовых СЭС Крыма, исходя из специфики Госсанэпиднадзора в каждом из портов и региона в целом.

В целях обеспечения выполнения решения коллегии ЦСЭС на ВТ от 24.02.05г разрабатывались единые принципы к организации госсанэпиднадзора за флотом, повышению его противоэпидемической готовности, медико-санитарному обеспечению плавсостава.

Особенность работы в период реформирования санэпидслужбы на ВТ – неблагополучная эпидситуация в странах, с которыми порты Крыма поддерживают интенсивные судоходные связи. Анализ состояния судоходных связей портов Крыма за 2000-2005гг. показал, что они осуществляются со странами таких неблагополучных по карантинным инфекциям и малярии регионов, как Юго-Восточная Азия, Африка, Южная Америка. Кроме того, Вьетнам, Таиланд, Камбоджа и Индонезия в 2005г. объявлены ВОЗ как неблагополучные по птичьему гриппу. Наиболее интенсивны связи портов Крыма с такими европейскими странами, как Турция, Болгария, Румыния, Хорватия и Россия, что в условиях угрозы завоза высоко патогенного гриппа птицы резко увеличивает возможность создания эпиднеблагополучия на границе. Кроме того, на протяжении всего года юг Украины находится в зоне повышенного риска распространения орнитозных инфекций.

Паразитологическая лаборатория аттестована, свидетельство об аттестации № РИ-032/11 от 07.06.2011; оснащена всем необходимым для проведения паразитологических лабораторных исследований.